Aplikasi versi lengkap untuk Play Station 4, oleh Konami Digital Entertainment.
Cerita dimulai pada hari ketika agen super terkenal dunia, Snake Eyes, dikhianati dan organisasinya dihancurkan oleh kekuatan musuh bersama, yang dikenal sebagai "Deep State". Snake Eyes terpaksa bersembunyi, dan selama lima tahun berikutnya ia berada dalam pelarian, meninggalkan nasibnya di tangan orang-orang yang telah ia pilih untuk membantunya.
Ini adalah konteks di mana permainan dimulai. Snake Eyes harus menghadapi musuh dari musuh bersama, untuk membalas dendam organisasinya dan anggotanya. Dia harus melawan "Deep State" dengan cara yang belum pernah dilakukan sebelumnya.
